El Convento de la Merced se fundó en Écija en el año 1509 junto al cruce de las carreteras de Córdoba y Palma del Río, pasando el puente que cruza el río Genil, con licencia otorgada por la reina de Castilla, Juana I la Loca. La Orden de Ntra. Sra. de la Merced nació en 1218 para rescatar cautivos cristianos en poder de musulmanes en las cárceles del norte de África, labor apoyada por la Corona de Aragón.
Tras sufrir graves daños por la inundación del Genil del año 1543, se trasladó a su ubicación actual. De este nuevo emplazamiento disfrutó la Orden hasta la exclaustración, siendo cedido en 1895 a la Comunidad de las Hijas de María Auxiliadora (Salesianas).
Del convento e iglesia, se conservan prácticamente todas sus dependencias aunque transformadas durante los siglos XVII y XVIII, destacando el claustro. La espadaña fue construida alrededor de 1630, reutilizando los materiales procedentes del derribo del torreón almohade de los siglos XII y XIII de la cercana puerta de Estepa.
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